1、理想的清潔工具及清潔液的配制
清潔工具包括吹氣球，清潔液，棉花與軟木棍，擦鏡紙，軟紗布，放大鏡(可用目鏡代用)。
清潔溶液為分析純酒精，分析純。其中，無水乙醇占30%、占70%。
考慮到容易揮發，造成混合液比例改變，影響清潔效果，所以現配現用。不推薦用1**%*和二甲苯。因為1**%*清潔后容易留下痕跡，二甲苯不僅容易留下痕跡，而且對鍍膜的傷害較大。
2、光學部件的擦拭方向及清潔步驟
擦拭透鏡前一定要先除去灰塵沙礫，以免使鏡劃起溝紋影響使用效果。先用吹氣球或者吹氣吹掉表面的塵土顆粒，結合軟毛刷輕輕吹刷，然后再用擦鏡紙醮取清潔液進行擦拭。
3、光學部件的維護
①生物顯微鏡光路污染判斷
當生物顯微鏡光源開啟時，將高倍物鏡轉入光路，放上標本聚焦，將聚光鏡的孔徑光瀾關小，再移開標本，通過目鏡觀察，光路中的污點將出現。這些污點可能存在于以下光學部件，目鏡、物鏡、觀察筒、或者一些中間光學組件中。可以單獨旋轉目鏡或者物鏡來判斷污點，當單獨旋轉目鏡或者物鏡時，污點轉動，那么污點是在目鏡或者物鏡上，此時我們可以進一步拆卸目鏡和物鏡進行檢查并清除。如果轉動目鏡和物鏡時，污點不動，那么污點可能在觀察筒和中間光學組件中，此時我們可以轉動觀察筒來判斷，同樣我們也能找出污點所在并清除。
②目鏡和物鏡表面臟物檢查
拆下目鏡，逆著光的方向并不斷改變觀察角度，可以清楚地看到物鏡表面是否有污物。
當物鏡有污物時，由于物鏡頂端的透鏡很小，往往肉眼很難分辨，可以拆卸一個目鏡，調轉一個方向則可當成放大鏡使用，通過放大以后，物鏡表面的污點將清晰可辨，然后清除。
③霉菌檢查
溫度為20~30℃，濕度為80~90%是Z適于透鏡表面生長霉菌的條件。生物顯微鏡的光學表面都有防霉系統。一般有效期大約在5~6年左右(惡劣環境下3年)，超過6年以后，防霉系統會失效。此時，應該重新放置防霉片，否則，實驗室條件差的生物顯微鏡會開始長霉。霉菌會分泌有害物質腐蝕玻璃表層的鍍膜層，霉菌密度大時危害特別大，這樣會嚴重危害生物顯微鏡的光學性能。
生物顯微鏡光路出現霉菌時，應該盡早除霉并更新防霉系統，安放防霉片，否則霉菌將會越長越歷害，Z終導致光學部件脫膜。當霉菌出現時，常規的清潔液(酒精和混合液)將無法去除，此時需要專門的除霉膏才能*清除。
4、機械部件
在生物顯微鏡日常使用中還會遇到載物臺下滑現象，以及無法成像等現象，這些問題，如果了解生物顯微鏡的機械構造的話，那么就容易解決了。載物臺下滑問題，都有粗調松緊度調節鈕，只要適當調節就能解決問題。如果通過此調節沒法解決，那么調焦機械部分有可能損壞。
由于大部分生物顯微鏡有保護標本和鏡頭的Zgao限位裝置，所以在使用時容易疏忽該限位裝置，造成生物顯微鏡無法成像。
5、電路部件
生物顯微鏡還有很多電路部件，例如燈泡、電路板、保險絲等。日常使用中，燈泡是消耗品，當燒壞時，需要更換燈泡，一般看看生物顯微鏡說明書，就可以進行更換和對中調節。但是當更換燈泡時需要注意，不同型號的生物顯微鏡的燈泡的規格和功率不一樣，當安裝上規格不一致的燈泡時，會導致燈泡燒壞或者電路板燒壞。順便提醒一下，在更換燈泡時，首先要*切斷電源，其次手指不要接觸燈泡，因為手指有油脂，會在燈泡上留有油脂指紋，時間長了會累積灰塵，當燈泡累積了灰塵后，長時間開啟不宜于燈泡散熱，這樣會減短燈泡的壽命。
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